ভারত উপমহাদেশ বিভক্তির পূর্বে কুষ্টিয়া নদীয়া জেলার আওতায় একটি মহকুমা ছিল। ১৯৪৭ সালে কুষ্টিয়া জেলার অভ্যুদয় ঘটে। তখন কুষ্টিয়া জেলা ৩ টি মহকুমা নিয়ে গঠিত ছিল। এগুলো কুষ্টিয়া , চুয়াডাঙ্গা এবং মেহেরপুর। এরপর ১৯৮৪ সালে চুয়াডাঙ্গা ও মেহেরপুর আলাদা জেলা হিসেবে পৃথক হয়ে গেলে কুষ্টিয়া মহকুমার ৬ টি থানা নিয়ে বর্তমান কুষ্টিয়া জেলা গঠিত হয়। এ. এম. নাসিরুদ্দিন (ই পি সি এস) প্রথম জেলা প্রশাসক হিসাবে দায়িত্ব পালন করেন। জেলা প্রশাসকের বর্তমান কার্যালয় ভবনটি ১৯৬৫ সালের ১৮ মার্চ সকাল ১১:০০ টায় উদ্বোধন করা হয়। এটি কুষ্টিয়া-ঝিনাইদহ সড়কের পূর্ব পাশে মজমপুর মৌজায় অবিস্থত।